游戏主线聚焦于还没有成为哥谭英雄的蝙蝠侠，在一天夜里，黑门监狱发生暴动，蝙蝠侠前来查看，发现了杀人鳄正在捣毁监狱，释放罪犯。

在打败鳄鱼人后，蝙蝠侠与戈登第一次见面，同时还得知一切都是黑面具在幕后捣鬼，他企图收编黑门监狱逃出的罪犯壮大自身势力，并且蝙蝠侠获悉黑面具收买了8名大名鼎鼎的罪犯悬赏蝙蝠侠的人头。

他们分别是杀人鳄、电光人、死射、丧钟、萤火虫、西瓦女士、铜头蛇以及贝恩，为寻找到黑面具，蝙蝠侠找到了地下势力通天的企鹅人，在得知黑面具下落后。

但紧接着就遇到了为蝙蝠侠人头而来的丧钟，在一番激烈的交锋后，蝙蝠侠击败丧钟，后来到了黑面具的藏身之所，却发现黑面具居然早就被人杀害，不过在蝙蝠侠的推断下，发现死者不是黑面具，真正的黑面具被人绑架了，也就是说幕后黑手另有其人。

但在线索中蝙蝠侠发现了一个人被提到——一个叫“小丑”的男人。后来蝙蝠侠为了寻找真相潜入哥谭警局偷取国家犯罪资料，蝙蝠侠得知了“小丑”的存在，并且获悉他们即将抢劫哥谭银行。

在哥谭银行，这对宿敌终于见面，小丑摘掉了黑面具，露出了自己的真容，并告诉老爷，你面对的究竟是谁！

之后小丑炸掉银行，还杀死了一名人质，初次交锋以老爷的失败告终，后来老爷为了找到小丑，蝙蝠侠最终来到小丑藏身的哥谭饭店，但遭遇了最强刺客贝恩，并且上演了经典地“断背”一幕！

老爷难道要又要断背？蝙蝠侠能否如愿抓到小丑？我们下期继续。